Vers l’An 500 au VIe siècle, en Europe, les moulins à eau peuvent encore se compter sur les doigts de la main : celui de Dijon, celui de Nicet-sur-Moselle, celui de Genève. En France, le nombre de moulins à eau connaît une extension énorme au Moyen Age, entre le Xe et le XIIIe siècle. Sur Boyer les moulins se sont construits jusqu’au début du XIXe. Ils sont généralement composés d’une meule française à frein, d’une blouze avec freins, de lanternons d’arbres, de la roue et le rouet, de la pot, la naisse et les tourillons.Puis le siècle des lumières, apporte entre autre, la machine à vapeur et le XXe siècle, le moteur électrique.
Au fil de la Natouze tournaient de nombreux moulins, alimentés par des bras détournant le cours de la rivière. Ils moulaient les grains, pressaient l’huile de noix, teillaient le chanvre ou l’écorce de chêne. Aujourd’hui on peut en dénombrer une douzaine : moulin d’Olivier-Bouillet, de Marmorat-Girard, de la Forge Scierie-Bontemps, à Huile de noix/Robin-Poret, moulin des Pés-Laplace, Pomier-Paulmier-Meunier, moulin rouge, (rasé en 1945), des Cours du Pont-Degattier, des Cours Bouchey-Bontemps, moulin la Roche-Blanc, moulin l’Epine-Ferré et moulin des Gaudes (Saône).
Les archives municipales témoignent du quotidien de Boyer autrefois. Il est écrit que par délibération, le 8 juin 1790 on interdit aux meuniers le dimanche, de faire tourner leur moulin pendant les offices et lors de certaines fêtes, ainsi que de voiturer sans preuve de nécessité. En 1801 il est délibéré que les biefs devront être nettoyés et curés depuis le moulin Curé jusqu’au moulin d’Olivier par les riverains.
De nos jours, les moulins disparaissent au fil des années. Certains sont entretenus d’autres sont oubliés. Les Ainés du village témoignent avoir vu fonctionner pendant la guerre 1939-45, le moulin des Cours du Pont, le moulin Marmorat-Girard sur la place du Bourg ainsi que la Forge Scierie et le moulin à Huile de Noix.